本校は御成門地区の５つの小学校が統合されて平成３年４月１日に開校されました。
統合された学校は次の通りです。

	鞆絵小学校
明治３年（１８７０年）学制が発布され「仮小学第一校」として開校しました。東京で最も早く開校した小学校です。平成３年、１２０年の歴史を閉じ、閉校しました。

	桜川小学校
明治６年（１８７３年）「公立桜川小学校」として開校されました。平成６年、１２０年の歴史を閉じ、閉校しました。

	桜田小学校
明治１０年（１８７７年）「第２６番公立小学校桜田学校」として開校しました。平成３年、１１３年の歴史を閉じ、閉校しました。

	桜小学校
昭和３９年（１９６４年）、 南桜小（明治１０年１０月開校）と、西桜小（明治４０年１１月開校）が統合されて、「東京都港区立桜小学校」とし開校されました。また、区内小学校の統廃合の一号となりました。平成３年、２７年間の歴史を閉じ、閉校しました。

	神明小学校
大正２年（１９１３年）「東京市神明尋常小学校」として開校しました。平成７年、８１年の歴史を閉じ、閉校しました。